هزینه مشاوره ایزو وابسته به عوامل متعددی است ، گذشته از این ها اخذ گواهینامه ایزو و رعایت استانداردهای مورد نیاز برای صدور گواهینامه ایزو نیز شامل هزینه های جداگانه ای می شود.گستردگی هزینه های مربوط به مشاور ایزو آنقدر زیاد است که نمی توان بدون شناخت و بررسی عوامل موثر ، مبلغ دقیقی برای آن اعلام کرد.
1- اندازه سازمان
2- نوع فعالیت سازمان
3- میزان ریسک پذیری فعالیت سازمان
4- تعداد پرسنل سازمان
5- استاندار درخواستی سازمان
به طور کلی مشاوره و استقرار سیستم های مدیریت کیفیت مانند گواهینامه ایزو 9001 ، ایزو 1400 و ... که استاندارد های عمومی هستند هزینه کمتری نسبت به استاندارد های تخصصی خواهند داشت.
استاندردهای خاص هزینه های جانبی و به تبع آن هزینه های مشهوره بیشتری خواهند داشت. از جمله هزینه های جانبی به موارد زیر می توان اشاره کرد:
1- هزینه مجهز کردن آزمایشگاه در استانداردهایی همچون ایزو 17021
2- هزینه تغییر و استاندارد سازی محیط کار در استاندرهایی مثل GMP در صنایع دارویی و غذایی
3- هزینه کنترل مستندات و کنترل سوابق ( این هزینه ها در کلیه استاندارد ها اعم از عمومی و تخصصی باید در نظر گرفته شود)
4- آموزش پرسنل موثر در کیفیت (این هزینه ها در کلیه استاندارد ها اعم از عمومی و تخصصی باید در نظر گرفته شود)
چنانچه سازمان درخواست کننده استقرار سیستم و مشاوره ایزو دارای شرایط مناسب در محیط کار و آزمایشگاه ها ( در صورت وجود) باشد, هزینه های مشاوره ایزو و استقرار سیستم های گواهینامه ایزو نا چیز خواهد بود.